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胚胎停育是妊娠早期导致自然流产的主要原因，目前报道发病率为12.54%，且近年来发病率呈逐年上升的趋势，妊娠结局为反复流产。
导致胚胎停育的原因非常复杂，包括了遗传因素所导致的孕卵或胚胎发育异常、感染因素、免疫异常、母体内分泌失调、子宫因素、全身性疾病、手术创伤等原因，除此之外还有约40％～50％的胚胎停育原因未明。
胚胎停育是指因受精卵缺陷或母体存在不利妊娠的因素，导致早期或中期胚胎死亡，全部或部分的组织留在官腔内未能自然排出的一种病理性妊娠。导致胚胎停育的原因很多也很复杂，主要包括以下几个方面
染色体因素
染色体因素是导致胎停最常见的原因，包括父母双方或某一方染色体异常或胚胎染色体检测异常。在自然流产绒毛中染色体异常的检出率高达55％～66％。
导致染色体异常的原因主要有：女性生育年龄大，卵子老化，易发生染色体不分离，染色体变异系数高，从而导致胎停。此外有过不良孕产史的患者染色体异常率比一般人群明显增高，有文献的报告指出反复自然流产患者中染色体异常率更比一般人群的高达15倍以上。
免疫因素
据报道，40％～60％的胚胎停育与免疫因素有关口。妊娠发生时，免疫细胞会在母胎界面通过复杂的免疫调节机制产生免疫耐受作用，维持胚胎发育所需的微环境，通过免疫调节作用使胚胎不被排斥。子宫蜕膜中的主要免疫活性细胞有含量丰富的自然杀伤(NK)细胞、T细胞和巨噬细胞。成功的胎盘植入取决于NK细胞对滋养层抑制或活化反应的正确平衡
感染因素
感染性因素约占胚胎停育患者的15％～30％，常见的病原体有：衣原体(CT)、支原体(UU)、弓形虫(TOX)、巨细胞病毒(HCMV)、加德纳菌感染等。宫腔受这些细菌病毒感染侵犯，会引起一系列宫腔炎症，降低其组织功能。同时它们释放的一些细胞因子对子宫内膜存在一定的毒性作用，损害妊娠组织的生长，导致胚胎发育停滞。
内分泌因素
人体性激素水平是通过下丘脑一垂体一卵巢轴所调节的。下丘脑一垂体一卵巢性腺轴调节紊乱、垂体功能异常或占位病变时，会抑制下丘脑对促性腺激素合成和释放，从而引起卵泡发育和排卵障碍等，干扰受精导致不育或胚胎停育。常见的内分泌异常表现为黄体功能缺陷、多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、高泌乳素血症、甲状腺功能异常、未控制的糖尿病等。只有由母体内旁分泌以及自分泌系统平衡才会对胚胎生长发育起到支持作用，反之会出现妊娠结局异常
子宫因素
常见表现有子宫畸形(如子宫发育不良、双子宫、单角子宫、双角子宫、子宫中隔等)，子宫肌瘤(如黏膜下肌瘤及某些壁间肌瘤)、子宫腺肌瘤、宫腔粘连等，均可影响胚胎着床发育而导致流产。另外子宫内膜厚度也会影响孕卵着床。
环境因素
随着社会经济发展和生活水平的提高，电子产品的普及，如手机、电脑、电磁炉等带来的电磁辐射，汽车尾气、煤炭燃烧等造成的大气污染也在加剧，生活节奏加快、生活压力大造成的精神紧张，这些均是胚胎停育的诱因。甲醛、氨、苯和甲苯是室内装修材料的污染，接触苯可能造成流产、死胎或胎儿畸形。电离辐射可引起基因突变、染色体畸变、发育缺陷。另外，过多接触放射线和砷、铅、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化学物质，均可能引起流产
个人因素
妇女个人史(吸烟、饮酒等)；月经史、孕产史、口服避孕药史、孕期服药史、妇产科疾病史、手术创伤及慢性疾病史，宫内感染、早孕期高烧史、孕期X线照射史及早孕期精神受挫、焦虑、生殖知识匮乏等都可能是增加胚胎停育的危险因素。
有文献指出，反复性自然流产患者存在有较多的抑郁、焦虑情绪反应，并且当流产次数增多时，机体的抗原抗体免疫反应将增强，反复增强的抗体进入胎儿血循环从而导致反复胚胎停育，两者呈现正相关。